巴州住房公積金管理中心2004年2月設立（由八縣一市住房公積金管理中心合并成立），為州人民政府直屬的自收自支事業單位，副縣級建制。2006年12月升格正縣級單位，管理部為正科級。核定縣級領導4名、編制65名，內設6個職能科室（辦公室、計劃財務科、資金科、信貸科、稽查科、技術科）、11個管理部（庫爾勒、南市區、焉耆、和靜、和碩、博湖、輪臺、尉犁、若羌、且末、塔西南）、1個分中心，目前在編人員55人,聘用人員40人。中心在巴州住房公積金管理委員會直接領導下對巴州住房公積金進行統一管理和運作。