哈密市住房公積金管理中心是隸屬哈密市政府管理的、不以營利為目的的自收自支事業單位，中心內設辦公室、黨群辦、歸集管理科、貸款管理科、財務科、稽核監督科、信息技術科、資產保全科8個職能科室。
中心下轄1個分中心（吐哈石油分中心）、4個管理部（伊州區管理部、巴里坤縣管理部、伊吾縣管理部、三道嶺管理部）；目前，共有從業人員111名，在編人員37名，非在編人員74名。